中華民國海軍白色恐怖事件，發生於1949年間，中華民國海軍內部的白色恐怖事件。當時海軍總司令桂永清下令拘捕一千多名海軍成員，進行思想改造及拘禁迫害。如劉和謙、鄭本基、朱成祥等人，都是受害者。1949年2月25日，重慶艦、長治艦叛逃，投奔中共。隨後陸續發生永興艦等六十餘艘艦隊投奔中共。 當時的海軍總司令桂永清認為海軍中閩系成員，忠誠有問題，派情報人員至各艦艇誘捕相關人員，就近拘禁在海軍陸戰隊集訓隊或各艦艇上。出身福建省的海軍成員，不分軍階，人人自危。5月，針對海軍官校校長魏濟民及海軍官校進行整肅，畢業班39、40、41年班的學員幾乎皆遭到逮捕，許多人因不明原因遭處死，或從此下落不明。根據訪談，有見證者指出，當年甚至有人被以麻袋捆綁後直接投海。 1949年7月，在鳳山工協新村成立鳳山招待所，用以拘禁相關人員。1950年，在員林鎮成立反共先鋒訓練營，由少將阮成章指揮台灣工作隊，對有嫌疑的海軍成員進行思想改造。 據中華民國海軍官方的統計，共有1196人遭受冤獄拘禁，失蹤及遭處死人數無法統計。但因為中華民國軍方聲稱此事缺少證據，日後多數申請冤獄賠償案皆遭法院駁回。
